摘要： 高校“有组织科研”以提升自主创新能力和服务国家战略需求为主要目标，但在开展过程中存在的碎片化困境影响了目标实现。本文借助整体性治理理论思想，关照现实情况，构建“价值—制度—技术—主体”的四维度分析框架，并基于实际调查和深度访谈发现，当前高校实施“有组织科研”面临的困境主要体现在学术信念的“疏离”、管理政策的“脱嵌”、数据信息的“孤岛”以及主体参与的“悬浮”等，实则反映出了价值、制度、技术以及行动主体的碎片化问题。从整体性治理思维出发，应从坚持“以学术作为志业”的价值理念、实现“联动式攥指成拳”的政策协同、打通“共享最后一公里”的技术壁垒和探寻“利益最大公约数”的集体行动来协同破解既存困境，高质量推进高校“有组织科研”。